南芬区历史悠久，根据南芬西山发掘的十座貊族古石棺墓群和本区在望海楼出土的部分文物，证明早在3000年前后青铜器时代，南芬地区就有人类祖先在此繁衍生息。

　　据考证，明末清初南坟隶属奉天府辽阳州清平社管辖。1906年，隶属本溪县管辖，1924年直奉战争后，奉天省本溪县设南坟区。1934年，日伪时期，南坟村公所隶属本溪县管辖。1945年祖国光复后，本溪县下设桥头区，南芬隶属桥头区辖。1948年10月31日，本溪全境解放。南芬区下辖思山岭、桥头、南芬街，隶属本溪县管辖。1952年本溪市成立中共本溪市郊区委员会，南芬区隶属本溪市郊区委员会管辖。1958年4月，市人委决定撤销南芬矿区，组建南芬镇，隶属本溪县管辖。1959年经辽宁省人民委员会批准，南芬镇划归牛心台区管辖。1966年经辽宁省批准撤销牛心台区，组建南芬矿区，隶属市辖。1968年撤销南芬矿区，建制南芬镇公社、南芬人民公社，隶属立新区管辖。1984年，辽政函发〔1984〕147号文件批复，同意恢复南芬区建制，下辖：思山岭乡、南芬街道、铁山街道、郭家街道，隶属本溪市领导。1988年7月1日，本溪县下马塘满族镇划归南芬区。

　　南芬区人民富有爱国爱家，反压迫反侵略斗争精神。在日本帝国主义侵略东北期间，曾多次暴发过军事上，经济上的反侵略斗争。1917年庙儿沟铁矿70多名采矿工人，不甘忍受日本财阀压榨，自发进行罢工斗争；1919年本溪各厂工人与庙儿沟铁矿工人举行联合罢工；1931年，日本侵略军占领本溪，南坟庙儿沟铁矿80多名工人举行罢工，抗议日本侵略东北；1935年，义勇军“南侠”夜袭南坟火车站，打死日军缴获武器。在日伪统治最严酷时期，南坟庙儿沟铁矿工人多次罢工，抗议当局残酷剥削和压榨，组成“报国队”同日本矿警进行长期斗争，得知日本侵略者宣布无条件投降时，200多名矿工一举夺取了日本人所管的“配给所”里的物质。

　　中华人民共和国成立后，南芬区行政区划多次更迭，但始终在市委、市政府的领导下，历经土地改革、抗美援朝、恢复经济建设，开展“三反”、“五反”运动及农业合作化运动，完成对农业、手工业和私营工商业的改造，城镇和农村全面确立了社会主义制度。又经历社会主义建设时期，南芬区人民在这30年里，经过艰苦卓绝的努力，全区各项事业和人民生活发生很大变化，为改革开放，经济腾飞打下坚实基础。

　　1985年，恢复南芬区建置。

2024年11月